Coronavirus : quatre tableaux de bord et de l'open data pour suivre l'épidémie en temps réel

Capture du tableau de bord de suivi de l'épidémie de coronavirus publié par l'Université Johns Hopkins
High-tech

DATAS - Un peu partout dans le monde, des équipes d'épidémiologistes, de statisticiens et d'ingénieurs compilent au jour le jour les chiffres de l'étendue du Covid-19, pour rendre plus lisible la propagation de la maladie. Des tableaux pensés pour le grand public, mais aussi pour les chercheurs.

Suivre une épidémie qui se joue des frontières, en compilant des chiffres provenant du monde entier, ceux rapportés par les autorités de santé, mais pas seulement, et en faire une visualisation claire et lisible pour tous. Le défi est considérable pour une discipline plus habituée à des études a posteriori qu'à l'information en temps réel.

C'est pourtant ce à quoi se sont attelés des universités ou des chercheurs face à une contagion que seules peuvent contenir des mesures de précaution. Des précautions qui ne peuvent être mises en place qu'à condition de suivre au plus près son évolution. Ces tableaux de bord ne sont que l'expression de données d'un détail extrême, qui va jusqu'à l'ADN de chacune des souches détectées pour remonter la piste des infections. 

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Johns Hopkins : le plus complet

En quelques jours, ce tableau de bord est devenu comme le standard du marché, c'est d'ailleurs la source de  la carte que vous retrouvez constamment remise à jour sur LCI.fr. Une visualisation imaginée par les ingénieurs et les chercheurs de l'Université Johns Hopkins, à Baltimore. L'université aux 40 Prix Nobel confirme son rang, en tenant la promesse d'agréger sur un seul écran l'essentiel des statistiques sur la propagation du Covid-19. On peut sélectionner chaque région, chaque pays, d'un seul clic. Les données, elles, peuvent évoluer tout au long de la journée. Pour l'université, ce n'est pas une première, ce dashboard est en fait adapté d'un précédent, pensé à l'époque pour suivre le risque de contamination par la grippe saisonnière aux États-Unis. Bon point aussi pour la version mobile.

HealthMap : germophobes s'abstenir

Plus une carte qu'un tableau de bord, l'application de HealthMap n'affiche pas plus de données que celles de Johns Hopkins. Pourtant, elle fait la différence sur deux points : d'abord, elle peut afficher une animation du déroulé des événements, comment l'épidémie s'est transmise d'un pays à un autre. Surtout, cette carte-là peut servir de porte d'entrée à toutes celles que le site publie, sur toutes les autres épidémies, saisonnières ou exceptionnelles, pour le monde entier. De quoi suivre la grippe, la gastro-entérite et certaines grandes épidémies actuelles ou passées, de Zika au SRAS. Un site formellement déconseillé aux hypocondriaques.

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Le planisphère affiché sur le site de BNO News, une agence de presse néerlandaise, n'a rien d'exceptionnel. C'est tout ce qui est autour qui l'est. Ici, chaque nouveau cluster, chaque nouveau cas détecté est rapporté, comme un fil d'info complet, avec les détails connus de chaque infection et la source de l'information. Un niveau de granularité - comme diraient les statisticiens - que l'on n'a trouvé nulle part ailleurs, et en tout cas pas rassemblé en un seul endroit.

NextStrain, les détectives de l'ADN

Les informations affichées ici ne sont pas accessibles à tous. Mais ce n'est pas grave, et pour cause : si vous ne comprenez pas les données affichées, c'est que NextStrain n'a pas été pensé pour vous. Ce tableau de bord là vise d'abord les médecins et les épidémiologistes. Les données compilées ici sont celles qui viennent de tous les labos de recherche qui de par le monde séquencent l'ADN du virus. De quoi suivre sa transmission, mais aussi ses évolutions, l'ADN permettant aussi de remonter le chemin pris par l'infection. Un niveau de détail ahurissant, surtout vu le volume de données traitées, dans une visualisation qui existe aussi pour d'autres épidémies.

En France et aux États-Unis, des données ouvertes à tous

Si vous aussi voulez créer votre propre visualisation, votre propre tableau de bord du Coronavirus, la bonne nouvelle, c'est que toutes les données évoquées ici sont à la fois publiques et disponibles gratuitement, dans un format exploitable. Ainsi, Johns Hopkins publie chaque jour une mise à jour de la base de données utilisée pour son tableau de bord, sur le site GitHub.

Chez nous, le site public Data.gouv.fr recense déjà quelques jeux de données ouvertes, comme par exemple le nombre de cas par région en France, dans un fichier remis à jour chaque jour, qui nous a permis de créer la carte ci-dessous. Un jeu de données remis à jour à chaque point quotidien de Santé Publique France, qui compile également énormément d'informations sur le virus et sa prévention.

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