Les tests PCR font-ils gonfler artificiellement le nombre de cas ?

Les méthodes de détection ne changent pas de manière significative d'un pays à l'autre.

ULTRA-SENSIBLES - La méthode de dépistage du Covid-19 par test RT-PCR fait l'objet de multiples critiques. Pourtant, elle est aujourd'hui très bien rôdée et très fiable. L'enjeu majeur demeure l'interprétation des données et l'usage qui en est fait dans un contexte de crise sanitaire comme celle que nous vivons aujourd'hui.

Grâce à l'adresse email lesverificateurs@tf1.fr, chacun peut contacter notre équipe et lui soumettre des questions. C'est ce qu'a fait Kevin, un internaute de LCI préoccupé par les tests RT-PCR utilisés dans le cadre de la détection du Covid-19. "Pourquoi autant de cas positifs en France versus nos voisins européens ?", nous demande-t-il. "Les tests PCR sont ils poussées à 50 cycles ou proches de cette valeur ? N’est ce pas une manière de 'trouver' des cas positifs de manière exponentielle ?" Une série de questions qui font écho à celles que se posent de nombreuses personnes ces dernières semaines sur les réseaux sociaux, et qui méritent quelques explications.

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Une technique éprouvée

Méconnus avant la crise sanitaire, les tests RT-PCR ont été expérimentés par de nombreux Français. Leur fonctionnement, comme le rappelle Libération, est assez simple et débute par le prélèvement d'un échantillon dans le nez avant d'être envoyé pour analyse dans un laboratoire. Par la suite, "pour savoir si une personne est porteuse du Sars-CoV-2, le biologiste cherche à amplifier une partie du génome du virus. L’amplification s’effectue en plusieurs cycles. Plus il faut de cycles, moins le virus est présent dans l’échantillon analysé. Si aucune trace du virus n’est trouvée au-delà d’un nombre de cycles donné, le résultat est négatif." Ce nombre de cycles est qualifié de "seui (Ct)". Contactée par LCI, la Direction générale de la Santé (DGS) souligne que "la RT-PCR est la technique de référence car c’est la plus sensible. Elle détecte le génome viral, sans distinguer si le virus est vivant (capacité de réplication en culture), et donc à risque infectieux, ou simplement à l’état de résidus."

Pour les autorités sanitaires, il est important de se pencher sur la question des tests et sur l'interprétations de leurs résultats. La DGS en est consciente et a sollicité le 11 septembre dernier la Société française de microbiologie (SFM). Une saisine qui a abouti à un avis permettant d'y voir plus clair sur ces questions. Jusque-là, aucune recommandation n'avait été émise quant à l'interprétation des valeurs de Ct et des résultats faiblement positifs, a souligné la SFM, estimant cependant que "la distinction entre les situations à fort ou faible risque infectieux est importante pour prioriser les efforts et les précautions à mettre en place." C'est précisément dans cette optique que les experts se sont réunis.

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Le document qui a découlé de cette saisine est précieux, assure Vincent Enouf, directeur adjoint du Centre National de référence de la grippe à l'Institut Pasteur. "Il explique bien que jusqu'à un certain niveau de Ct, vous êtes contagieux si on détecte le virus, mais qu'ensuite vous l'êtes beaucoup moins voire quasiment pas." Un test positif n'a donc pas la même signification selon le nombre de cycles qui ont été nécessaires pour détecter des fragments du virus. 

La fiabilité des tests RT-PCR n'est pas à revoir, assure l'expert. Si les résultats sont positifs, "il n'y a aucun problème, mais il faudrait peut-être rajouter une information aux patients ou aux cliniciens faisant la demande de la détection en précisant que le patient est plus ou moins contagieux". Plus le Ct est faible, plus le patient est contagieux. Et vice versa. Vincent Enouf explique ainsi que la contagiosité est fixée à 33 Ct : "Pourquoi 33 ? Car c'est la limite des prélèvements avec les Ct que l'on peut remettre en culture, ce qui traduit le fait que dans cet échantillon détecté à 33, il y a encore du virus viable qui a pu être mis en culture dans notre labo ou dans tout autre à travers le monde."  

Le spécialiste ajoute qu'il "faut garder à l'esprit que des Ct très élevés, avec des rendus de résultats autour de 39/40", obligent à se poser "la question de la contagiosité". Certes, "la PCR sera positive, mais le patient n'est pas contagieux lorsque le Ct est au-dessus de 37", tranche-t-il. 

Pas de gonflement artificiel des chiffres

En France, comme l'indique Le Monde, "les tests pratiqués réalisent entre 40 et 45 cycles". Une fourchette communiquée fin juillet par le conseil scientifique et légèrement supérieure à celle de 35 à 40 Ct recommandée par la Haute autorité de Santé. "Le seuil est fixé par le biologiste qui effectue le test", glisse Libération, "en cohérence avec les recommandations des fournisseurs. Ainsi, pour chaque test, en fonction des réactifs et du laboratoire, le Ct peut être différent". Les professionnels, habitués à utiliser ces techniques de dépistage, en connaissent parfaitement le fonctionnement et savent qu'il est inutile de multiplier encore et encore les cycles de détection. Des fragments trouvés uniquement au-delà d'un certain Ct s'avèrent en effet minuscules et donc négligeables.

Outre le fait de détecter si une personne est ou non positive au Covid-19, les tests RT-PCR fournissent des informations sur la contagiosité des patients. Mais contrairement à certaines idées reçues, la grande sensibilité de ces tests ne contribue pas à inclure à la liste des personnes contaminées de très nombreux asymptomatiques qui viendraient "fausser" les statistiques car positif mais porteurs d'une quantité infime de virus. La DGS est d'ailleurs très claire : s'appuyant sur les observations de la Société française de microbiologie, elle précise que "au-delà de 37 Ct, le test est considéré comme négatif"

Ce que confirme, Lionel Barrand, président syndicat national des jeunes biologistes médicaux : il insiste sur le fait que le biologiste "adapte et interprète les résultats non seulement en fonction du Ct, mais aussi en fonction de l'aspect de la courbe". Dans le doute, assure-t-il, "on recontrôle". Si un patient se présente pour un test et que seuls d'infimes résidus du virus sont détectés, le résultat ne sera donc pas défini comme positif. Il faut toutefois noter que la limite de 37 est indicative, puisque variable en fonction des fabricants de test. D'où l'importance d'une lecture humaine des résultats, afin que chaque cas soit contextualisé et analysé en détails.

Si le nombre de personnes positives est élevé en France, cela s'explique d'une manière assez simple. Tout d'abord par la quantité (importante) de tests réalisés, mais aussi par le fait que tous les pays n'utilisent pas la méthode des tests RT-PCR. Si des pays recourent plus fréquemment à des tests antigéniques, ils vont logiquement détecter moins de cas, car cette technique ne va pas repérer les personnes qui abritent de simples résidus du virus. Pour Vincent Enouf, il est important aujourd'hui que les laboratoires puissent communiquer sur les Ct auprès des patients. Il s'agit en effet de pouvoir leur fournir des informations sur leur contagiosité. Une position partagée par la DGS, qui note que "la SFM propose que la valeur Ct ne soit pas rendue telle quelle dans les résultats d’analyse, mais après interprétation par le biologiste sous forme de 'Positif', 'Positif faible' ou 'Négatif'."

En résumé, la méthode de détection par tests RT-PCR se révèle très fiable, grâce notamment à sa grande sensibilité. Il convient toutefois de bien distinguer les cas positifs entre eux, puisque les Ct obtenus traduisent la quantité de virus présente dans l'organisme des individus, et donc leur contagiosité. En France, le seuil à partir duquel a été fixée cette contagiosité et de 33 Ct. Plus cette valeur est faible, plus la concentration virale est élevée. À l'inverse, on considère qu'au dessus de ce seuil, la contagiosité diminue de manière significative, jusqu'à devenir nulle au-delà de 37 Ct. 

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