Non, les tests PCR n'aboutissent pas dans 90% des cas à des "faux positifs"

La sensibilité des tests est au cœur des discussions.
Santé

RACCOURCIS - Les résultats des tests PCR rhino-pharyngés sont très critiqués sur les réseaux sociaux. Leur trop grande sensibilité les rendraient très peu fiables et entraîneraient des quantités considérables de faux positifs. Si la question s'avère complexe, ces affirmations sont en partie trompeuses.

Depuis le début du mois de septembre, la fiabilité des tests PCR réalisés dans les fosses nasales (on parle de prélèvements rhino-pharyngés) est remise en cause. "Comme chacun sait", lance un internaute, "seuls 10% sont des vrais positifs". Un autre estime pour sa part que modifier la méthode de test ferait "disparaître les 90 % de faux positifs". Des publications reprennent de leur côté les propos du professeur Toussaint, expliquant il y a quelques jours sur CNEWS que "90% actuellement des 10.000 à 16.000 cas positifs par jour sont des gens qui ne sont pas transmetteurs, voire qui sont guéris".

Ce chiffre de 90% revient très régulièrement dans les différents messages. Il désigne parfois la part de personnes qui seraient diagnostiquées positives mais en réalité pas contagieuses (voire guéries), mais se voit aussi présenté dans d'autres cas comme une proportion de "faux positifs", un terme qui sous entend que des personnes sont diagnostiquées positives alors qu'elles ne sont porteuses du Covid-19. Avec, à la clef, de multiples incompréhensions et confusions. 

Leur sensibilité mise en cause

Pour comprendre le procès qui est fait à ces tests, il faut remonter au début du mois de septembre, suite à la publication par le New York Times d'un article très commenté. Le quotidien, qui a analysée des données issues de tests réalisés dans plusieurs états, a observé que "jusqu'à 90% des personnes testées positives étaient à peine porteuses de virus". Un chiffre qui s'est propagé et qui a depuis fait l'objet de déformations.

S'il est utile de mentionner le point de départ de cette défiance, il faut surtout se pencher sur la méthode employée pour détecter le Covid chez des patients, au centre des polémiques. "Afin de chercher le virus, qui est présent en petite quantité dans les échantillons analysés, la technique PCR consiste en quelque sorte à « zoomer » en multipliant une séquence génétique connue", résume très simplement Le Monde. "Cela se fait au travers de cycles successifs : plus on les accumule, plus on est capable de détecter d’infimes traces de virus."

Ces cycles, souvent appelés "CT", sont associés à la quantité de virus contenue dans le corps, la fameuse "charge virale". En effet, lorsque celle-ci est élevée, seul un faible nombre de CT est nécessaire pour identifier le virus. À l'inverse logiquement, "des valeurs de CT élevées sont souvent le reflet d’une quantité de virus faible ou nulle (débris de virus) signalant que la personne testée ne présente pas de risque", écrivait au milieu de l'été le Conseil scientifique dans un avis.

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Il est reproché à cette technique de considérer comme malades ou contagieux des patients qui n'auraient en eux qu'une très faible charge virale. Les tests, avec leur méthode de "zoom" seraient en quelque sorte trop puissants. Trop sensibles. Une sensibilité pointée du doigt par des médecins, à l'instar du Dr Kierzek : "Encore ce matin un test positif (débris de virus, test trop sensible) alors que la patiente a été contaminée et contagieuse il y a plus de 2 semaines", a-t-il tweeté. "On dépiste des gens pas malades pas contagieux et on passe à côté de contagieux !"

Le mystère de la charge virale

Les critiques formulées contre les tests PRC rhino-pharyngés reposent donc sur l'idée que le fait d'identifier des bribes du virus dans l'organisme n'est pas forcément synonyme de contagiosité. Pour certains, il serait ainsi plus honnête de revoir à la baisse le nombre de cas détectés, puisque des patients avec une très faible charge virale mais diagnostiqués positifs ne présentent potentiellement pas de danger. 

Sur ce sujet, le conditionnel reste pourtant de mise. En effet, rien ne permet aujourd'hui d'affirmer qu'une très faible charge virale se traduit par une absence de contagiosité. "On connaît à peu près les équivalences entre le nombre de cycles et la quantité de virus que ça représente",  a souligné à l'AFP Cédric Carbonneil, chef du service d’évaluation des actes professionnels de la Haute autorité de Santé. Mais le problème vient que l'on "ne connaît pas aujourd'hui la 'valeur seuil' qui pourrait dire vous êtes encore contagieux ou pas". En somme, ce n'est pas forcément parce que vous transportez une faible quantité de virus avec vous que vous serez inoffensif pour autrui.

L'autre problème qui se présente avec les analyses de charges virales vient du fait que ces dernières peuvent varier dans le temps. "Si on trouve chez une personne une valeur de CT élevée, donc une faible charge virale, cela signifie qu’elle n’est probablement pas transmettrice au moment où elle fait le test", indique à Libération Sylvie van Der Werf, virologue à l’Institut Pasteur. "Mais rien ne dit que deux jours après, le virus ne s’est pas en fait multiplié et la charge virale amplifiée, car la personne était en phase ascendante." 

Une compréhension à affiner

Si la sensibilité des tests et l'analyse des résultats fait débat, il est en tout cas faux d'indiquer que 90% des tests conduisent à des faux-positifs. En effet, cette affirmation signifierait que des résultats positifs ont été obtenus à partir de tests qui auraient été effectués sur des personnes non porteuses du virus. Ce n'est pas le cas avec le Covid-19, puisque la méthode PCR utilisée est très efficace. Le véritable enjeu est plutôt de savoir si parmi les personnes catégorisées comme "positives", une part importante est véritablement contagieuse. 

C'est en ce sens que son menées une partie des recherches aujourd'hui. Les scientifiques tentent de déterminer si la contagiosité est effective à partir d'un seuil précis, ce qui pourrait notamment permettre d'adapter les mesures plus ou moins strictes en fonction du profil des personnes testées et de la charge virale qui aura été calculée chez eux. De quoi permettre d'effectuer un suivi au cas par cas et donc de cibler avec une plus grande précision les personnes les plus contagieuses. 

Cette projection, si elle est source d'espoirs, se heurte toutefois à certaines limites. En effet, quand bien même les scientifiques réussiraient à établir un lien entre charge virale et contagiosité, il serait difficile d'harmoniser les outils de test pour parvenir à des calculs homogènes. "Vous pouvez avoir une PCR qui, pour une même charge virale, va donner 40 (CT) et l’autre va donner 35", glisse Vincent Enouf, directeur adjoint du Centre national de référence des infections respiratoires de l'Institut Pasteur. "Le nombre de cycles, on s’en fiche, tout dépend de la PCR, de la technologie que vous utilisez", ajoute-t-il. Une analyse partagée par d'autres spécialistes, qui reconnaissent que d'un kit de test à l'autre, "il y a énormément de variables". Difficile, dès lors, de se fier à la seule valeur des CT pour déterminer si une personne est non seulement contaminée, mais bel et bien contagieuse. 

En résumé, il est donc trompeur de mettre en cause la fiabilité des tests aujourd'hui réalisés. Au contraire, ces derniers se montrent presque trop efficaces puisque leur grande sensibilité permet d'identifier des quantités de virus même très réduites dans l'organisme. Le débat qui fait aujourd'hui rage porte donc plutôt sur le fait de savoir si un patient avec une très faible charge virale sera considéré ou non comme contagieux, et donc potentiellement dangereux. Or, l'état actuel des connaissances ne permet pas aux scientifiques de conclure que la contagiosité du Covid-19 est effective à partir d'un seuil précis. Un point central qui fait l'objet d'études et qui pourrait être mieux compris à l'avenir.

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