La souche "historique" du Covid-19 a-t-elle totalement disparu ?

Le variant anglais est aujourd'hui largement majoritaire en France.

RÉGRESSION - Si l'on évoque (et redoute) l'émergence de nouveaux variants, on oublie parfois l'existence d'une souche plus ancienne et "classique", qui, bien que n'ayant pas disparu, a largement reculé.

En déplacement à l'aéroport de Roissy ce week-end, le Premier ministre a voulu marquer le coup. Une présence sur le terrain au moment même où la France mettaient en place des mesures supplémentaires pour les passagers en provenance de destinations à risque. Dans le viseur des autorités sanitaires, les voyageurs ayant transité par des pays où circulent des variants, en particulier ceux dits "brésilien" ou "sud-africain". 

Si Jean Castex a assuré à tort que ces deux variants ont "tendance à régresser" dans l'Hexagone, on observe au contraire une progression dans plusieurs régions, et plus globalement à l'échelle du pays. Ce dont témoignent les données de Santé Publique France. 

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Alors que l'émergence du variant anglais a été largement décrite au printemps, cela a-t-il entériné la disparition de souches plus anciennes ? Pas totalement, a constaté LCI, bien que les variants soient aujourd'hui très largement majoritaires.

Un recul très net fin février

Les épidémiologistes scrutent avec la plus grande attention l'évolution et la propagation des différents variants. C'est le cas de François Blanquart, chargé de recherche CNRS au Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CNRS/Collège de France/Inserm). Il expliquait il y a quelques semaines que le variant anglais semblait présenter un "avantage sélectif à peu près constant", avec un taux de réplication supérieur. Selon lui, il apparaissait donc assez logique que dans un futur proche, 100% des nouvelles contaminations soient le fait de cette nouvelle souche.

Faut-il dès lors faire ses adieux à la souche "historique" du Covid-19 ? Est-elle en voie de disparition au profit des variants ? Seule une analyse des données épidémiologiques peut permettre de le savoir. Pour cela, LCI s'est aventuré sur Geodes, la plateforme développée par Santé Publique France qui rassemble tous les indicateurs relatifs à l'épidémie. 

Le "criblage" des tests PCR se révèle alors précieux : au-delà du simple résultat "positif" ou "négatif", des laboratoires cherchent en effet à savoir si la positivité d'un patient est plutôt due à tel ou tel variant ou à la souche initiale du virus. Une analyse à l'échelle du pays dont les résultats peuvent être visualisés dans l'infographie qui suit (cliquez ici si elle ne s'affiche pas). 

Les nouveaux variants sont ici représentés dans des teintes grises plus ou moins foncées, tandis que la souche que l'on pourrait qualifier de "classique" est visible en vert. Celle-ci, encore très présente à la mi-février, a progressivement reculé. Si bien que l'on constate qu'elle est très largement minoritaire. 

En gris clair, le variant anglais voit quant à lui sa généralisation se matérialiser dans les chiffres, puisqu'il gagne au fil des semaines du terrain. Lorsque l'on présente ces données par le biais d'une répartition temporelle en pourcentages, en faisant abstraction du nombre absolu de criblages réalisés, on constate encore mieux le recul de la souche "classique", aujourd'hui presque anecdotique.

Si LCI a montré il y quelques jours que les variants sud-africain et brésilien se maintenaient à des niveaux assez stables depuis de longues semaines, il n'en est rien du variant anglais. Sa progression massive a entraîné un recul notable de la souche historique, repérée dans 40% des criblages à la mi-février, contre seulement 4% en moyenne aujourd'hui. Rendue possible grâce à la mobilisation des laboratoires, l'analyse génomique des virus permet aujourd'hui une meilleure compréhension de l'épidémie. 

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Pour François Blanquart, le spécialiste du CNRS, il est "remarquable" d'observer à la faveur de la crise sanitaire actuelle que "l'évolution des virus à des échelles de temps très courtes" entraîne "des conséquences épidémiologiques et de santé publique très importantes". Des enseignements majeurs, qui se révèleront sans aucun doute utiles à l'avenir si de nouvelles pathologies viennent à émerger.

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