Covid-19 : le variant anglais détecté par seulement "30% des laboratoires" ?

Covid-19 : le variant anglais détecté par seulement "30% des laboratoires" ?

RECHERCHE - Plusieurs internautes inquiets de la propagation de la souche britannique du Covid-19 assurent que seuls "30% des laboratoires" permettent de le détecter en France. C'est une erreur d'interprétation.

Avec un virus "mutant" qui serait devenu "50% à 74%" plus contagieux, chacun réalise l'importance cruciale d'une surveillance renforcée de l'épidémie. Or, sans chercher, comment pourrait-on trouver ? La question est finalement assez légitime. C'est celle qui anime des internautes qui craignent que "seuls 30% des laboratoires français ont les tests PCR capables de le détecter". "Tous les PCR ne détectent pas le nouveau variant, qui se propage beaucoup plus rapidement", s'inquiétait une internaute le 3 janvier dernier, tandis qu'une autre se demandait s'il ne valait pas mieux "utiliser un test fiable à 100%". En réalité, ces deux personnes ont mal compris ce chiffre et ce qu'il représente.

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La particularité d'un test

Ces 30% ne sortent pas de nulle part. La donnée a été prononcée par Arnaud Fontanet lors d'une interview à ce sujet. Membre du Conseil scientifique, il relevait que cette mutation n'était pas "détectée de la même façon par les tests PCR que les autres virus". Lors de son explication sur le plateau de BFMTV, il a noté que certains d'entre eux permettaient notamment de "cibler un endroit où la mutation se trouve". Avant de préciser que "25 à 30% des laboratoires français sont équipés de PCR qui ont donc un signal efficient quand on est en présence de ce variant". 

Pour connaître l'origine de ce chiffre, nous nous sommes tournés vers le syndicat des biologistes. Ces 30% représentent en fait la part de laboratoires qui utilisent la marque Thermo-Fisher. Sur les 124 tests PCR autorisés aujourd'hui en France, les chercheurs ont découvert un peu par hasard que ce modèle était plus sensible que les autres à ce variant plus contagieux. Une particularité qui est un très bon signe. "Elle permet d'avoir une surveillance globale pour repérer la circulation du virus", s'est réjoui Arnaud Fontanet.

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Mais attention, cela ne veut pas dire que les 70% des autres laboratoires produisent des faux-négatifs au Covid-19. Ou qu'ils ne permettent pas eux aussi de trouver le VOC 202012/01, ce fameux "variant britannique". Il ne faut pas "tout confondre", comme l'assène Vincent Enouf. Contacté par notre équipe des Vérificateurs, le directeur adjoint du Centre national de référence des virus respiratoires (CNR) de l'Institut Pasteur,  a en effet rappelé que la fonction initiale du PCR est celle de dépister "le virus responsable du Covid-19, quelle que soit sa forme".  La question du variant britannique ne se pose en fait pas à ce stade. 

Le séquençage, seul outil de surveillance

Car ce n'est pas au PCR de certifier si un patient a le variant ou pas. Pour ça, il faut passer par ce qu'on appelle le "séquençage". Cette méthode consiste à récupérer tous les échantillons positifs et d'en faire une une seconde analyse en laboratoire.  Rien à voir avec le dépistage des malades. C'est l'étape d'après. 

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Raison pour laquelle depuis le 26 décembre, la Direction générale de la Santé (DGS) a mis en place en France un dispositif de suivi pour mobiliser cette technique. Les laboratoires doivent adresser au CNR  (Centre national de référence) "tout résultat de test PCR positif pour une personne revenant du Royaume-Uni et d'Afrique du Sud ou ayant été en contact rapproché avec une personne revenant de ces deux pays". Mais aussi "tout résultat de test PCR pouvant évoquer la présence d'une variante virale". Quant à savoir si l'Hexagone est exemplaire en matière de séquençage, c'est une autre question à laquelle nous avions répondu ici.

Il est donc faux de dire que seuls "30% des laboratoires" permettent de repérer le variant anglais du virus car celui-ci est en fait recherché par une méthode scientifique centralisée au sein des CNR à partir de n'importe quel type de test positif effectué auparavant sur un patient. 

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