Dans les égouts de Paris et Marseille, les premiers signes d'une reprise de l'épidémie ?

Prélèvement dans les égouts de Marseille

INDICATEUR - Le relevé des eaux usées laisse transparaitre une légère augmentation des contaminations à Paris et à Marseille. La méthode, utilisée par le passé, a fait ses preuves pour anticiper une reprise de l’épidémie.

Faut-il s’inquiéter à Paris et à Marseille ? Alors qu’il est encore trop tôt pour tirer des conclusions des réunions pendant les fêtes de fin d’année et de leurs conséquences sanitaires, l’analyse des eaux usées dans ces deux villes livre ses premiers constats et montrent des concentrations moyennes du Covid-19 plus élevées depuis une semaine. À Marseille, les marins pompiers, qui se chargent depuis un mois de prélever des échantillons sur 37 sites différents, ont communiqué le 7 janvier sur "les premiers signes d’une circulation plus forte du virus dans les eaux usées [] depuis 2 jours". 

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Une remontée après un mois et demi de baisse à Paris

Dans le détail, les pompiers marseillais ont pu observer que la concentration du virus était passée de 100 copies d’ARN par millilitre d’eau à plus de 450 en deux jours seulement. Cela est-il dû à la présence du variant relevé au Royaume-Uni dans la cité phocéenne ? Samedi 9 janvier, un cluster familial de 46 personnes y a été détecté, dont 21 porteuses de la nouvelle souche, poussant l'exécutif à avancer le couvre-feu à 18h dans le département des Bouches-du-Rhône, malgré l’opposition ferme des élus locaux.

Dans les eaux usées de la région parisienne, la remontée des concentrations du virus constatée est encore légère mais bien notable après un mois et demi de baisse. "C’est, depuis fin octobre, la première fois que l’on observe une véritable augmentation des traces de virus dans les eaux usées", confirme au Parisien le Pr Vincent Maréchal, virologue à La Sorbonne. Ceci étant dit, les autres indicateurs épidémiologiques n’ont pour l’instant pas viré au rouge en Ile-de-France : le R effectif, le taux de reproduction du virus, est évalué aujourd’hui à 0,98, contre 0,99 à l’échelle nationale et le taux de positivité y est de 3,5%, contre un taux national de 6%. 

L'augmentation de la concentration du virus dans les eaux usées précède celle des hospitalisations- Yvon Maday, chercheur mobilisé sur Obépine

À Paris, comme dans plusieurs villes de France, c’est le réseau Obépine (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées) qui procède à l’analyse des égouts depuis le mois de mars. Cet été déjà, fin juin puis fin juillet, alors que les hôpitaux n’anticipaient pas de deuxième vague épidémique au vu de leurs admissions, les eaux usées parlaient d’elles-mêmes en présentant de nouvelles traces du virus. Un excellent indicateur qui pourrait devenir à terme un système d’alerte précoce, fait ainsi valoir Obépine, aidé financièrement par le ministère de l’Enseignement supérieur et mobilisant trois équipes de Sorbonne Université, l’Institut de recherche biomédicale des armées et le Syndicat interdépartemental pour l’assainissement de l’agglomération parisienne (SIAAP).

Pour pouvoir alerter comme il le fait, le réseau s'appuie sur une donnée : la présence du virus dans les défécations. "Environ 50% des personnes infectées rejettent le virus par les selles trois ou quatre jours avant même les premiers signes cliniques. Voilà pourquoi cette méthode est si intéressante : l’augmentation de la concentration du virus dans les eaux usées précède celle des hospitalisations", a par exemple illustré à l’AFP le chercheur Yvon Maday, membre du projet. L’analyse des égouts présente aussi l’avantage de ne pas dépendre du nombre de tests de dépistage effectués. Adopté en masse avant les fêtes, le recours au dépistage a nettement diminué la semaine dernière par rapport aux deux semaines précédentes, constate Santé Publique France (SPF), dans son bulletin du 7 janvier. Récoltant les données de la semaine précédente, du 28 décembre au 3 janvier, SPF ne peut aujourd’hui dresser un véritable bilan des rassemblements à l’occasion de Noël et du Nouvel An. 

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Pour autant, elle constate que, dans une tendance à la baisse pour les dépistages, le nombre de malades diagnostiqués a nettement augmenté en une semaine, avec 13.820 cas confirmés en moyenne chaque jour et un taux de positivité en hausse de 2,6 points par rapport à la semaine d’avant (et de 0,6 points supplémentaires depuis le 3 janvier pour s’établir aujourd’hui à 6%, selon Tous Anti Covid). Au vu des premiers chiffres de 2021, SPF parle alors de "poursuite de la circulation du SARS-CoV-2 à un niveau élevé" et non pas de reprise ou d’accélération à proprement parler. Le vendredi 8 janvier, 19.814 malades du Covid-19 vaient été officiellement recensés en France.

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