Mutation du virus : voici pourquoi les Anglais l'ont repérée avant les autres

Mutation du virus : voici pourquoi les Anglais l'ont repérée avant les autres

QUAND ON CHERCHE... ON TROUVE - Ce n'est pas un hasard si les Britanniques ont identifié un nouveau variant du virus sur leur sol avant leurs voisins européens. En matière de séquençage des génomes, ils sont en effet des références à l'échelle mondiale.

Les Britanniques ont été les premiers à alerter de l'émergence d'un nouveau variant du virus, potentiellement plus contagieux. Comme l'a souligné Olivier Véran, il est fort probable que cette mutation se soit déjà propagée, que ce soit en France ou ailleurs en Europe. Si l'Italie l'a déjà détectée sur son sol, ce n'est pour l'heure pas encore le cas dans l'Hexagone. Une situation par forcément surprenante car la capacité d'un pays à identifier de nouveaux variants dépend directement de son organisation en matière de séquençage du génome des virus, soit sa capacité à déterminer avec précision la "carte d'identité" du virus. Pour trouver, sans surprise, il faut chercher. Et sur ce point, la Grande-Bretagne apparaît bien mieux armée.

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100 fois plus de séquençages qu'en France

Le variant qui inquiète aujourd'hui les chercheurs serait apparu il y a déjà plusieurs semaines. Un élément qui a interpellé un internaute, data scientist de profession et qui a exprimé sur Twitter sa surprise devant le fait qu'une telle mutation n'ait jusqu'alors pas été identifiée en France. Après quelques recherches, il a observé que nos voisins britanniques procèdent à des séquençages très nombreux du génome du SARS-CoV-2. "100 fois plus que la France", lance-t-il. Un constat étayé par des graphiques accessibles sur GISAID, une plateforme de référence où son répertoriés les données partagées par les laboratoires qui étudient les génomes.  

La France serait-elle à la traîne en matière de séquençage ? Pas forcément, mais il est clair que la Grande-Bretagne possède de nombreuses longueurs d'avance dans le domaine, ce que confirme Étienne Simon-Lorière, responsable du laboratoire de génomique évolutive des virus à ARN pour l'Institut Pasteur. Sollicité par LCI, il estime que "d'autres pays auraient fini par découvrir ce variant", mais que les Britanniques, eux, "l'ont découvert quasi en temps réel. Ils disposent d'un système de surveillance qui est vraiment épatant."

En pratique, "ce sont les seuls au monde aujourd'hui qui séquencent de manière aussi rapide et aussi coordonnée sur l'ensemble de leur territoire. Ils ont décidé assez tôt de mettre en place un consortium et ont déployé leur organisation à l'échelle de la Grande-Bretagne. Il y a très peu de pays qui ont réussi à faire la même chose." Un système qui fait ses preuves et qui suscite l'admiration du chercheur : "Ce qui est magnifique, c'est que tout est centralisé. Plein de laboratoires réalisent leur séquençage avec des méthodes qui leurs sont propres, et ensuite ils partagent toutes les données. Celles-ci sont rassemblées et analysées de manière conjointe, quasiment en temps réel. C'est vraiment gigantesque." D'où un tel écart (de 1 à 100) en volume de séquençages réalisés.

 

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"En France", poursuit Étienne Simon-Lorière, "des programmes spontanés et indépendant" existent. "Parallèlement, les centres nationaux de référence, notamment à Paris, séquencent et partagent des données en temps réel depuis le début, mais ils ne reçoivent pas une fraction gigantesque du nombre de cas. Ce ne sera pas forcément hyper représentatif. Il faudra sans doute quelques semaines de plus pour voir si un variant est en train de se propager en France ou pas." 

Des pistes d'amélioration

Dans le contexte actuel, on se rend compte qu'identifier rapidement une mutation est plus qu'utile pour adapter les mesures sanitaires et réagir efficacement. Le système britannique peut donc servir d'exemple pour le futur. D'autant qu'en France, il semble possible de progresser dans la mise en commun des informations. Le spécialiste de l'Institut Pasteur, familier de la plateforme GISAID, y observe des éléments intéressants. Il note qu'on y "voit régulièrement des laboratoires déposer d'un coup toutes leurs séquences". Il se remémore ainsi un laboratoire qui a déposé à la rentrée "tout ce qu'il avait réalisé entre mars et septembre". Si les données "très récentes sont utiles, celles qui datent de plusieurs mois le sont beaucoup moins", glisse le chercheur. 

Dans le futur, il est possible que le fonctionnement de la recherche évolue lui aussi, notamment en matière de partage des données. À l'heure actuelle, ces dernières ne sont pas forcément partagées au sein de la communauté scientifique de manière automatique. Cela signifie que de dans la pratique, de nombreux séquençages du SARS-CoV-2 ont pu être réalisés dans l'Hexagone sans pour autant être portés à la connaissance de chercheurs membres d'autres laboratoires. Si on peut l'expliquer par la rude concurrence dans le secteur de la recherche, cela contribue potentiellement à freiner la compréhension d'un virus et à entraver les analyses des dynamiques qui sous-tendent sa diffusion. Le système britannique, qui a bénéficié selon Étienne Simon-Lorière de "financements considérables", tend à montrer qu'un important maillage mêlé à une centralisation systématique se révèle vertueux, surtout lors d'une crise telle que celle en cours actuellement en Europe et dans le Monde. 

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