Résistance au vaccin, circulation en France, létalité : 3 choses à savoir sur le variant brésilien

Résistance au vaccin, circulation en France, létalité : 3 choses à savoir sur le variant brésilien

MUTATION – Au Brésil, le variant amazonien fait des ravages et inquiète le monde entier. Circulation, dangerosité, résistance à la vaccination… Voici ce que l’on sait sur le variant P1, identifié dès janvier dernier.

Parmi les nombreuses mutations du virus, certaines disparaissent rapidement des radars et d’autres sont surveillées de très près. C’est le cas du variant P1, originaire du Brésil et identifié au mois de janvier au Japon. Encore peu présent en France métropolitaine, ce variant inquiète suffisamment pour pousser les autorités à suspendre les vols depuis le Brésil. Là-bas, il a contribué à rendre l’épidémie un peu plus incontrôlable. Trouvant ses origines à Manaus, dans l’État d’Amazonas, il circule aujourd’hui partout dans le pays. Tandis qu’on lui attribuait 28% des contaminations en janvier, il représentait 73% des tests positifs en mars, selon la Fiocruz, un institut de recherche rattaché au Ministère de la Santé.

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Circule-t-il beaucoup en France ?

En métropole, le variant brésilien représentait fin mars seulement 0,3% des nouvelles contaminations, selon les premiers résultats de 2000 prélèvements positifs séquencés dans la dernière enquête Flash. Le variant sud-africain était identifié dans 6% des tests positifs tandis que le variant anglais était largement majoritaire, représentant 83,1% des séquences interprétables. En revanche, les données SI-DEP, enregistrant l’ensemble des tests positifs, ne font pas à ce jour le distinguo entre les variants brésilien et sud-africain, porteurs de la même mutation E484K. Ainsi, Santé Publique France (SPF) a constaté dans son bulletin du 15 avril une "présence stable" de ces variants classés comme préoccupants, avec une part de 3,8% des tests PCR.

En revanche, en Guyane, département français frontalier du Brésil, le variant représentait 76% des "prélèvements ciblés et/ou séquencés", selon le dernier point d'information de l’Agence régionale de santé (ARS) Guyane. Par conséquent, les autorités françaises ont décidé ce jeudi 15 avril que les voyageurs en provenance de la Guyane devraient effectuer un test antigénique de façon systématique pour entrer en métropole. 

Est-il plus mortel ?

Avant de se pencher sur le taux de létalité du variant P1, il convient de voir à quel point celui-ci est contagieux. Car la communauté s'accorde sur le fait qu'il l’est bien plus que le SARS-CoV-2. Si la mutation anglaise B117 est 1,4 fois plus transmissible que la souche classique, la mutation P1 serait 2,6 fois plus transmissible, selon une récente étude brésilienne réalisée à partir des cas observés à Manaus et dont les conclusions n'ont pas encore été validées par des pairs. "Nos estimations classent P.1 comme le plus transmissible parmi les COV du SRAS-CoV-2 actuellement identifiés, posant une menace sérieuse et nécessitant des mesures urgentes pour contrôler sa propagation mondiale", préviennent les chercheurs. Plus contagieux, ce variant semble également plus dangereux. "Au Brésil (ville de Manaus), le variant P.1 serait de 1,8 à 2,5 fois plus transmissible et de 1,1 à 1,8 fois plus virulent (risque de décès) que les variants communs selon 3 études en préprints. Il serait associé à des infections avec une plus haute charge virale comparativement à celles causées par les variants communs", nous indiquait récemment Thibault Fiolet, doctorant en épidémiologie à l’université Paris-Saclay et à l’Inserm. 

Plus virulent, le variant P1 serait à l'origine de l'explosion de la mortalité au Brésil, et notamment chez les plus jeunes. Sur une période allant de septembre à mars, des chercheurs brésiliens ont fait état, dans une étude pas encore validée là aussi, d’une "augmentation soudaine" de la mortalité chez les jeunes et les adultes du Paraná, État du sud le plus peuplé du Brésil. "Tous les groupes d'âge ont montré soit une baisse, soit une stabilisation des taux de létalité des cas (TFC) entre septembre 2020 et janvier 2021. En février 2021, on a plutôt observé une augmentation du TFC pour presque tous les groupes d'âge", indiquent les scientifiques, pointant le fait que "les personnes âgées de 20 à 29 ans dont le diagnostic a été posé en février 2021 avaient un risque de décès plus de trois fois plus élevé que celles diagnostiquées en janvier 2021". 

Est-il résistant aux vaccins ?

C’est la principale inquiétude des médecins et des scientifiques. La mutation E484K, dont le variant est porteur, pourrait affaiblir l’immunité obtenue après une contamination, voire après une vaccination. D’après la première étude citée plus haut, 28% des contaminations observées à Manaus de décembre à février seraient des cas de réinfection par le variant P1. En effet, la ville amazonienne a pu être considérée comme un exemple d’immunité collective avant d'être dévastée par une nouvelle vague de l’épidémie à cette période

Mais qu’en est-il de l’efficacité des vaccins sur le variant brésilien ? Pour l’instant, le taux de vaccination est peu conséquent dans le pays (3,5% de la population est totalement vaccinée, selon Our world in data), ce qui explique le peu de données en la matière. Mais déjà, les scientifiques parlent d’un possible "échappement immunitaire". Au Parisien, le Pr Bruno Lina, virologue et membre du Conseil scientifique, a par exemple indiqué que si "la vaccination marche très bien sur le mutant anglais, on voit une perte de protection avec les variants brésilien et sud-africain". À LCI, Thibault Fiolet a pu détailler cette perte concernant deux des quatre vaccins développés au Brésil : l’Américain Johnson & Johnson et le Chinois Coronavac. "Le vaccin de Janssen a une efficacité globale de 66% contre la COVID-19 (symptomatique). Le vaccin CoronaVac a une efficacité de 50% au Brésil".

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D’où le souhait des autorités brésiliennes de mettre au point leur propre vaccin pour contrer le variant P1. Fin mars, l’institut Butantan de São Paulo a présenté un vaccin baptisé ButanVac et sur le point d’être testé cliniquement sur 1800 volontaires. "Cette technologie est la même que celle utilisée pour produire le vaccin contre la grippe. Cette méthode est sans précédent", a avancé Dimas Covas, le directeur de l’institut. En France, la Haute autorité de Santé (HAS) a recommandé par conséquent "l’utilisation exclusive des vaccins à ARN messager", développés par Pfizer/BioNTech et Moderna, en Guyane, à Mayotte et à La Réunion, où les variants brésilien ou sud-africain sont aujourd'hui très présents. 

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