Traque du Covid-19 dans les eaux usées : "Un outil ultra-puissant pour sortir du stop and go"

Traque du Covid-19 dans les eaux usées : "Un outil ultra-puissant pour sortir du stop and go"

INTERVIEW - Si le reconfinement semble produire ses premiers effets, les recommandations pour éviter une troisième vague sont déjà de mise. Dans ce contexte, le potentiel de la surveillance du virus dans les stations d'épuration apparait "de plus en plus évident".

Et si la clé d'un deuxième déconfinement réussi et d'une sortie du "stop and go" se trouvait, en partie, dans les canalisations d'eaux usées ? Depuis l'apparition du Covid-19 en Chine, plusieurs études scientifiques ont en effet relevé la présence du nouveau coronavirus dans les selles des patients. A Paris, pour rappel, des quantités infimes de SARS-CoV-2 avaient d'ailleurs été relevées mi-avril sur quatre des vingt-sept points de prélèvement testés. Un mois plus tard, à la mi-mai, plus aucune trace n’était repérable dans les nouveaux prélèvements, une indication logique face à la décrue de l’épidémie due au confinement. De quoi encourager l'Académie de médecine à recommander tout naturellement la surveillance systématique de ce virus et d'autres dans les stations d'épuration de l'Hexagone. 

Or, avec plusieurs mois de recul, cette traque se présente comme une arme redoutable pour éviter une éventuelle troisième vague épidémique, jugent des spécialistes. C'est notamment l'avis de Philippe Amouyel, professeur de santé publique au CHU de Lille qui la mentionne dans une tribune en forme de mode d'emploi ce dimanche dans le JDD. Il revient plus en détail sur les fondements de cette recommandation pour LCI.

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Pouvez-vous nous rappeler le principe de cette traque du virus dans les eaux usées et son intérêt ? 

Pr Philippe Amouyel : Lorsqu'on est infecté par ce virus, on va en éliminer par la bouche à un certain moment mais quasiment mille fois plus dans les selles et surtout beaucoup plus précocement. Il est ainsi possible de détecter des traces via les eaux usées jusqu’à six jours avant les premières contaminations. L'analyse de ces eaux est donc un indicateur en temps réel voire avec un coup d'avance. En outre, contrairement à d'autres, ce procédé est un indicateur scientifique non biaisé, c'est-à-dire qu'on a une photo qui couvre toute la population. 

Pour vulgariser, tout le monde tire la chasse, donc tout le monde y passe, y compris les asymptomatiques. Ce qui n'est pas le cas quand on calcule l'incidence ou la positivité aujourd'hui par exemple, puisqu'il s'agit alors d'analyser le nombre de sujets positifs. Cela donne une idée de la variation relative mais pas de la fréquence du virus dans la population. Dans le cas des eaux usées, si on voit augmenter le nombre de copies de virus d'un coup, cela ne trompe pas. Et autres points non négligeables, cela coûte moins cher que le dépistage et ça n'implique aucune démarche de la part de la population.

Pour éviter une éventuelle troisième vague, il faut mettre en place ces outils qui évitent les remontées épidémiques- Philippe Amouyel, professeur de santé publique au CHU de Lille

En quoi la perspective du déconfinement et d'une éventuelle troisième vague rend cet outil d'autant plus précieux ?

Aujourd'hui Obépine (ndlr : le réseau de capteurs placés sur les stations d'épuration et les égouts d'Ile-de-France), est encore au stade expérimental. Mais demain on a tout intérêt à le généraliser pour que cet outil s'intègre dans le système de surveillance français. En tant qu'épidémiologiste, je le vois, au même titre que le dépistage de masse, comme un outil vraiment intéressant et ultra puissant à un moment où on développe une stratégie de déconfinement et où on cherche à sortir du "stop and go". 

Car une fois que ça va aller mieux, et que cette deuxième vague sera passée, le risque c'est qu'on commence à relâcher la surveillance. Or, pour éviter une éventuelle troisième vague, il faut tirer les expériences du passé et mettre en place des outils qui évitent les remontées épidémiques. En bref, il faut anticiper et c'est pour cette raison que je crois beaucoup en cet outil qui permet de prévenir les contaminations en moyenne une semaine avant. Son potentiel est de plus en plus évident et il y a urgence à le généraliser. L'objectif derrière cela, c'est de pouvoir mettre en place une mesure restrictive, ou plusieurs, en fonction de ce qu'on observe. Et donc contrôler la circulation du virus en temps réel.

Les signaux encourageants évoqués ces derniers jours s'observent-ils par exemple dans les eaux usées ? 

Obépine vient justement de sortir de jolies courbes sur la concentration du virus en Ile-de-France, et c'est assez éloquent. On voit très bien la concentration en germes en fonction de l'agenda, et les courbes remontent plein pot pendant cette deuxième vague puis redescendent sous l'effet du reconfinement, comme la première fois. Mais encore une fois, l'idée c'est de pouvoir élargir cette veille précieuse pour avoir un vrai réseau national de surveillance regroupant 150 stations d’épuration et plusieurs laboratoires de référence. Car l’analyse des eaux usées prend du temps. L'objectif est de réaliser 300 à 600 analyses hebdomadaires. A titre de comparaison, aujourd'hui, le réseau compte environ 80 stations. Enfin, à terme, l'idéal serait d'intégrer les données issues de ces relevées à l'observatoire cartographique de Santé publique France, Géodes.

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